استاد محمد شجاعی در سال ۱۳۳۵، از زنجان، به سرزمین دانش و تقوا، قم، هجرت کرد و در آنجا رسالت علم‌اندوزی را به کمال رساند آنگاه در درس خارج حضرت امام خمینی (ره) حاضر شد تا از مبانی علم اصول فقه بهره مند شود . همزمان، علم آموزی در محضر آیت الله محقق داماد و شرکت در درس خارج فقه ایشان راه استنباط احکام شرعی و اجتهاد را برای او هموار کرد.

وی همچنین در دروس فلسفه و نیز دروس اخلاقی علامه طباطبایی(ره) شرکت می‌کرد و در شمار شاگردان صاحب تفسیر گرانقدر المیزان بود.

پس از وقایع خرداد ۱۳۴۲ و تبعید امام (ره) و تعطیلی دروس علامه طباطبایی(ره) و همچنین درگذشت آیت الله محقق داماد ، استاد شجاعی، که هر تابستان در زنجان اقامت می‌کرد و در آغاز سال تحصیلی هر سال مجددا به قم باز می‌گشت، در سال ۱۳۴۶ با تعطیل شدن تمام درسهایش در قم، دیگر به آنجا باز نگشت.

این واقعه اگرچه برای او سنگین بود، آثار مبارکی داشت و منشا برکات و سرآغاز تشکیل جلسات و مباحث معارفی و تهذیب نفس و تفسیر آیت الله شجاعی در زنجان شد و جلسات عمومی و خصوصی درسها و مباحث عرفانی، تفسیری و معارفی استاد شجاعی در دو دهه ۴۰ و ۵۰ شمسی در زنجان برگزار شد که ثمره آن شاگردان و بهره مندان فراوان از این مجالس است .

در دوران مبارزات مردم ایران، فعالیت های سیاسی وی باعث دستگیری و زندانی شدن او به دست ساواک شد. بعد از انقلاب به عنوان نماینده مردم زنجان در دوره اول مجلس شورای اسلامی انتخاب شد. اما پس از مدتی از سیاست کنار کشید و دیگر هیچ‌گاه به سیاست بازنگشت و در تهران ساکن شد. ایشان در دو دهه ۶۰ و ۷۰ شمسی در تهران جلسات تفسیر قرآن و مباحث اخلاقی را ادامه داد.

برخی از آثار وی عبارتند از: معاد یا بازگشت به سوی خدا، انسان و خلافت الهی ،اسماء حسنی، خواب و نشان‌های آن، بازگشت به هستی، عروج روح ،قیام قیامت، مواقف حشر، چراغ هدایت و ضیافت حقیقی.