احمدحسین شریفی، عضو هیئت علمی مؤسسه امام خمینی(ره)-امام خمینی (ره) وصیت‌نامه خود خطاب به حوزه‌های علمیه چند نکته مهم را یادآور می‌شود که توجه به آنها بسیار سودمند و اثرگذار است. ایشان در بند (ط) وصیت‌نامه (صحیفه امام، ج ۲۱، ص ۴۲۴-۴۲۶) خود خطاب به حوزه‌های علمیه چند نکته مهم را یادآور می‌شود:

۱- از مهم‌ترین شگردهای مخالفان اسلام، نفوذ دادن افراد منحرف و تبهکار در حوزه‌های علمیه خواهد بود: «یکی از راه‌های با اهمیت برای مقصد شوم آنان و خطرناک برای اسلام و حوزه‌های اسلامی نفوذ دادن افراد منحرف و تبهکار در حوزه‌های علمیه است، که خطر بزرگ کوتاه مدت آن بدنام نمودن حوزه‌ها با اعمال ناشایسته و اخلاق و روش انحرافی است و خطر بسیار عظیم آن در دراز مدت به مقامات بالا رسیدن‏ یک یا چند نفر شیاد که با آگاهی بر علوم اسلامی و جا زدن خود را در بین توده‌ها و قشرهای مردم پاکدل و علاقه‏ مند نمودن آنان را به خویش و ضربه مهلک زدن به حوزه‌های اسلامی و اسلام عزیز و کشور در موقع مناسب می‌باشد.»

۲- خطر روحانی‌نمایان برای اسلام به مراتب از خطر ملی‌گراها و روشنفکران مصنوعی بیشتر است؛ اینان «اگر مجال یابند از همه پرخطرتر و آسیب رسانترند».

۳- نفوذی‌ها ممکن است ده‌ها سال با مشی اسلامی و مقدس‌مآبی در حوزه‌های علمیه و در میان مردم با صبر و حوصله زندگی کنند «و در موقع مناسب مأموریت خود را انجام می‌دهند.»

۴- هر چند خطر نفوذ منحصر در حوزه‌های علمیه نیست، و باید نسبت به همه بخش‌های جامعه حساسیت ویژه وجود داشته باشد؛ اما «از همه لازم‌تر حوزه‌های علمیه است که تنظیم و تصفیه آن با مدرسین محترم و افاضل سابقه‏ دار است با تأیید مراجع وقت.»

۵- یکی از راه‌های لازم و ضروری خنثی‌کردن نقشه‌ها و توطئه‌های دشمنان علیه اسلام و حوزه‌های علمیه در عصر حاضر «قیام برای نظام دادن به حوزه‌ها … است؛ که علما و مدرسین و افاضل عظیم الشأن صرف وقت نموده و با برنامه دقیق صحیح حوزه‌ها را و خصوصاً حوزه علمیه قم و سایر حوزه‌های بزرگ و با اهمیت را در این مقطع زمانی از آسیب حفظ نمایند.»

۶- اهتمام به فقه و فقاهت و محافظت از میراث سلف و تلاش در جهت افزودن دقت‌ها و ابتکارها و تحقیق‌ها بر میراث فقهی گذشتگان؛ و جلوگیری از انحراف از فقه سنتی که موجب سست شدن ارکان تحقیق و تدقیق خواهد شد.

۷- افزون بر فقه در سایر رشته‌های دیگری که مورد نیاز اسلام و جامعه اسلامی است باید افرادی تربیت شوند؛

۸- در رأس همه علومی که تعلیم و تعلم آنها لازم است علوم معنوی اسلام است: «از بالاترین و والاترین حوزه‌هایی که لازم است به طور همگانی مورد تعلیم و تعلم قرار گیرد، علوم معنوی اسلامی است، از قبیل علم اخلاق و تهذیب نفس و سیر و سلوک الی اللَّه- رزقنا اللَّه و إیاکم- که جهاد اکبر می‌باشد.»