پیام ملّت – رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال ۱۳۵۶ را زمینه ساز ایجاد موج مردمی دانستند و گفتند: نحوه مواجهه امام (ره) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
حضرت آیت الله خامنهای رهبر معظم انقلاب اسلامی در دیدار دستاندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی در آستانه چهلمین سالگرد رحلت ایشان، ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگرهای، مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرأت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.
ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی بهشدت علاقمند و عاشق امام بود و کوچکترین تعرض به شخصیت امام را بر نمی تابید.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت الاسلام و المسلمین رشاد رئیس شورای سیاستگذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی و آقای حمید انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامههای کنگره بزرگداشت مرحوم آیت الله حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجامشده بیان کردند.
